נראה לי שכן הבנתי את השאלה
והתשובה שלי היא שאתה לומד על אטומים ואתה שואל איך עובד מנוע קיטור. באמת ההתנהגות של מנוע קיטור כולו נגזר מכללי ההתנהגות של האטומים שמרכיבים אותו, אבל קשה לראות את התמונה השלימה כאשר אתה מסתכל מנקודת מבט של אטומים ומולקולות.
המושגים שאתה מזכיר (ארגונמט, פונקציה, קריאה לפונקציה, אוגר, מחסנית, כתובת זיכרון, סגמנט, אופסט) הם אבני לגו, או תאים, או אטומים או איזה משל שתרצה לבחור לך. אתה צריך לעבור לשכבות הגבוהות יותר כדי לקבל הבנה על איך תוכנה עובדת
שכבות לדוגמה שכדאי לעשות איתם הכירות:
פרדיגמות של תכנות, למשל OOP (צורה לבנות תוכנות יותר מסובכות, לא מוסכם על כולם, אבל נחל הצלחה רבה)
מערכת ההפעלה, איזה שירותים הוא נותן לתוכנות
ספריות גרפיקה, ספריות רכיבי ממשקים, וכדומה,
למשל דפדפן כרום (כרומיום) משתמשת בספריית skia עבור גרפיקה, זה ספרייה שנותנת API נוח להרבה פעולות גרפיקה,
חוץ מזה הוא משתמש בשירותים של מערכת ההפעלה כדי להציג חלונות, לרנדר טקסט, לקבל קלט משתמשים, לגשת לקבצים ולרשת,
וגם ספריות צד שלישי עבור דברים כמו TLS, ועוד
הדוגמה של דפדפן היא למעשה דוגמה של תוכנה סופר סופר מסובכת...
בשלב כלשהו יהיה כדאי להסתכל בקוד המקור של תוכנה כזאת כדי לקבל מושג איך זה בנוי