@ששא כתב בגרשיים נוספים לבד בשליחת קובץ מ JS לשרת:
בשרת עשיתי שמירה מיד של הקובץ שהתקבל ללא שום עיבוד וכדומה ואפ"ה זה נהיה ככה, כך שלכאורה זה קשור ל JS
מכיון שהבעיה בתוכן הקובץ, אפשר להניח די בודאות שהבעיה לא בקוד שהבאת כי קוד של העלאת קובץ לא משנה את תוכן הקובץ
@dovid כתב בגרשיים נוספים לבד בשליחת קובץ מ JS לשרת:
מדובר בxls או xlsx, או בcsv
ההשערה שלי שמדובר בקובץ CSV. הדרך לעשות escaping של גרשיים בערכים מוקפים בגרשיים הוא להכפיל את הגרשיים. (ע"ע)