# Implement upstream connection to PHP-FPM
# "phpfpm" here is a name for this upstream connection, which you can customize
# I create a custom upstream connection per vhost, to better segregate PHP processes by vhost
# To do the same, you need a unique upstream name, and a unique filename for your php5-fpm.sock file
upstream phpfpm {
    server unix:/var/run/php/php7.2-fpm.sock;
    #avoid sockets for nginx-fpm on Linux, they are good for BSD
    #server 127.0.0.1:9000;
}

server {
    # Listening on port 80 without an IP address is only recommended if you are not running multiple v-hosts
    # Bind to the public IP bound to your domain
    listen 80;
    listen 443 ssl;

    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/mydomainname.com/fullchain.pem; # managed by Certbot
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/mydomainname.com/privkey.pem; # managed by Certbot
    include /etc/letsencrypt/options-ssl-nginx.conf; # managed by Certbot
    ssl_dhparam /etc/letsencrypt/ssl-dhparams.pem; # managed by Certbot

    # Specify this vhost's domain name
    server_name mydomainname.com;
    root /var/www/public_html;
    index index.php index.html index.htm;

    # Specify log locations for current site
    access_log /var/www/mydomainname.com/log/access.log;
    error_log /var/www/mydomainname.com/log/error.log warn;

    # Typically I create a restrictions.conf file that I then include across all of my vhosts
    #include conf.d/restrictions.conf;
    # I've included the content of my restrictions.conf in-line for this example

    # BEGIN restrictions.conf
    # Disable logging for favicon
    location = /favicon.ico {
        log_not_found off;
        access_log off;
    }

    # Disable logging for robots.txt
    location = /robots.txt {
        allow all;
        log_not_found off;
        access_log off;
    }

    # Deny all attempts to access hidden files such as .htaccess, .htpasswd, .DS_Store (Mac).
    location ~ /\. {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }
    # END restrictions.conf

    # Typically I create a yiiframework.conf file that I then include across all of my yii vhosts
    #include conf.d/yiiframework.conf;
    # I've included the content of my yiiframework.conf in-line for this example

    # BEGIN yiiframework.conf
    # Block access to protected, framework, and nbproject (artifact from Netbeans)
    location ~ /(protected|framework|nbproject) {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }

    # Block access to theme-folder views directories
    location ~ /themes/\w+/views {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }

    # Attempt the uri, uri+/, then fall back to yii's index.php with args included
    # Note: old examples use IF statements, which nginx considers evil, this approach is more widely supported
    location / {
        #root /var/www/public_html/yii/frontend/web;
        try_files $uri $uri/ /yii/frontend/web/index.php$is_args$args;
    }
    # END yiiframework.conf

    location = / {
	#rewrite /yii/frontend/web/index.php last;
	try_files $uri /yii/frontend/web/index.php/ /yii/frontend/web/index.php;
    }


    # Tell browser to cache image files for 24 hours, do not log missing images
    # I typically keep this after the yii rules, so that there is no conflict with content served by Yii
    location ~* \.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico|woff2|ttf|woff)$ {
	root /var/www/public_html/yii/frontend/web;
        #expires 24h;
        log_not_found off;
    }

    # Block for processing PHP files
    # Specifically matches URIs ending in .php
    location ~ \.php$ {
        try_files $uri =404;

        # Fix for server variables that behave differently under nginx/php-fpm than typically expected
        fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
        # Include the standard fastcgi_params file included with nginx
        include fastcgi_params;
        fastcgi_param  PATH_INFO        $fastcgi_path_info;
        fastcgi_index index.php;
        # Override the SCRIPT_FILENAME variable set by fastcgi_params
        fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
        # Pass to upstream PHP-FPM; This must match whatever you name your upstream connection
        fastcgi_pass phpfpm;
    }
}
server {
    listen 80;
    listen 443 ssl;
    ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/api.mydomainname.com/fullchain.pem; # managed by Certbot
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/api.mydomainname.com/privkey.pem; # managed by Certbot
    include /etc/letsencrypt/options-ssl-nginx.conf; # managed by Certbot
    ssl_dhparam /etc/letsencrypt/ssl-dhparams.pem; # managed by Certbot
 
        #root /var/www/sub.test.com;
        #index index.html index.htm index.nginx-debian.html;

        server_name api.mydomainname.com www.api.mydomainname.com;

    location / {
        proxy_pass http://127.0.0.1:8080;
        #proxy_set_header Host $host;
        proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
        proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
        # the next 3 lines are for cocket protocol nedded both for web ui and mobile app
        proxy_http_version 1.1;
        proxy_set_header Upgrade $http_upgrade;
        proxy_set_header Connection "upgrade";
    }
}

תודה לעוזרים

@dovid
אני חייב להשאיר את רוט כנ"ל כי בחלק מהאתר יש לי סקריפטים שלא קשורים לYII, ושם בקוד כתבתי מיקומים לפי המיקום של הרוט, לכן את הרוט השארתי על התיקיה הציבורית האמיתית, ורק מה שאינו קיים לפי הניתוב האמיתי שיופנה לYII בכתובת של התיקיה של הYII.
וכן כי סקריפטים אלו נמצאים במיקום /var/www/public_html/api ולא בתוך /var/www/public_html/yii/frontend/web
הבעיה תופסת רק בכתובת הראשית ממש שזה קיים גם באמת (כי התיקיה public_html קיימת), ולמעשה שם אני כן רוצה שיופנה לתיקית YII

מצאתי פיתרון זה מגדיר סיפיציפי את הURL כשהוא ללא שום פרמטר אל הנתיב הראשי של YII

   location = / {
        try_files $uri /yii/frontend/web/index.php/ /yii/frontend/web/index.php;
    }

ייתכן שניתן להגדיר את זה יותר חכם, אשמח לדעת מה אמור להיות הפקודה הנכונה שיפנה מיידית לURL המבוקש ללא בדיקה האם קיים או לא.

root  /var/www/public_html/yii/frontend/web;
index index.php index.html index.htm;

בtry_file

    try_files $uri $uri/ /index.php?$args;

לקבצים הסטטיים תניח בינתיים, ותדאג להפעיל מחדש את האנג'ינאיקס על כל שינוי.

# Implement upstream connection to PHP-FPM
# "phpfpm" here is a name for this upstream connection, which you can customize
# I create a custom upstream connection per vhost, to better segregate PHP processes by vhost
# To do the same, you need a unique upstream name, and a unique filename for your php5-fpm.sock file
upstream phpfpm {
    server unix:/var/run/php/php7.2-fpm.sock;
    #avoid sockets for nginx-fpm on Linux, they are good for BSD
    #server 127.0.0.1:9000;
}

server {
    # Listening on port 80 without an IP address is only recommended if you are not running multiple v-hosts
    #listen       80;
    # Bind to the public IP bound to your domain
    #listen 8888;
    listen         8888 default_server;
    listen         [::]:8888 default_server;

    # Specify this vhost's domain name
    server_name mydomainname.com;
    root /var/www/public_html;
    index index.php index.html index.htm;

    # Specify log locations for current site
    access_log /var/www/mydomainname.com/log/access.log;
    error_log /var/www/mydomainname.com/log/error.log warn;

    # Typically I create a restrictions.conf file that I then include across all of my vhosts
    #include conf.d/restrictions.conf;
    # I've included the content of my restrictions.conf in-line for this example

    # BEGIN restrictions.conf
    # Disable logging for favicon
    location = /favicon.ico {
        log_not_found off;
        access_log off;
    }

    # Disable logging for robots.txt
    location = /robots.txt {
        allow all;
        log_not_found off;
        access_log off;
    }

    # Deny all attempts to access hidden files such as .htaccess, .htpasswd, .DS_Store (Mac).
    location ~ /\. {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }
    # END restrictions.conf

    # Typically I create a yiiframework.conf file that I then include across all of my yii vhosts
    #include conf.d/yiiframework.conf;
    # I've included the content of my yiiframework.conf in-line for this example

    # BEGIN yiiframework.conf
    # Block access to protected, framework, and nbproject (artifact from Netbeans)
    location ~ /(protected|framework|nbproject|class) {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }

    # Block access to theme-folder views directories
    location ~ /themes/\w+/views {
        deny all;
        access_log off;
        log_not_found off;
    }

    # Attempt the uri, uri+/, then fall back to yii's index.php with args included
    # Note: old examples use IF statements, which nginx considers evil, this approach is more widely supported
    location / {
        #root /var/www/public_html/yii/frontend/web;
        try_files $uri $uri/ /yii/frontend/web/index.php$is_args$args;
    }
    # END yiiframework.conf

    # Tell browser to cache image files for 24 hours, do not log missing images
    # I typically keep this after the yii rules, so that there is no conflict with content served by Yii
    location ~* \.(js|css|png|jpg|jpeg|gif|ico|woff2|ttf|woff)$ {
	root /var/www/public_html/yii/frontend/web;
        #expires 24h;
        log_not_found off;
    }

    # Block for processing PHP files
    # Specifically matches URIs ending in .php
    location ~ \.php$ {
        try_files $uri =404;

        # Fix for server variables that behave differently under nginx/php-fpm than typically expected
        fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;
        # Include the standard fastcgi_params file included with nginx
        include fastcgi_params;
        fastcgi_param  PATH_INFO        $fastcgi_path_info;
        fastcgi_index index.php;
        # Override the SCRIPT_FILENAME variable set by fastcgi_params
        fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;
        # Pass to upstream PHP-FPM; This must match whatever you name your upstream connection
        fastcgi_pass phpfpm;
    }
}

על פניו הכל תקין.
מלבד שבכתובת הראשית mydomainname.com:8888 זה פותח את הדף index שמופיע ב /var/www/public_html ואם אני מוחק אותו הוא נותן לי שגיאה 403 שזה בעצם אין גישה לאינדקס, ובכל מקרה הוא לא מנתב את הראשי לכתובת המבוקשת
/var/www/public_html/yii/frontend/web/index.php

/var/www/public_html/

מאידך התיקיה של YII הינו

/var/www/public_html/yii/frontend/web

לעומת זאת יש בתקיה הראשית תיקיה כגון api שיש שם סקריפטים של PHP שאני כן רוצה שיהיה אליהם גישה.
אז למעשה עלי לסדר כמה נקודות.
בגישה לנתיב הראשי / יפנה ל

/var/www/public_html/yii/frontend/web/index.php

גישה לקבצים סטטים תיהיה בתוך תיקיית

/var/www/public_html/yii/frontend/web/

ומאידך DOCUMENT_ROOT שישאר (עבור פעולות שתלויות בזה בPHP)

/var/www/public_html/

גישה למספר תיקיות מצוינות כגון api יתבצע לפי הנתיב מהשורש הנ"ל. /var/www/public_html/
כל שאר הניתובים כגון
http://domain.com/site/login
יבוצעו לתיקיית YII לקובץ

/var/www/public_html/yii/frontend/web/index.php

מקוה שכתבתי ברור את הדרישות.
תודה

1. האפשרות המידיית והיותר פשוטה זה לשנות את הפורט של הapach ל8080 למשל, ולהאזין הכל דרך הnginx ולהפנות לפי ההוסט לאיפה שצריך.
2. תוכל גם לסלק את האפאצ' כפי שהצעת ולעבור לLEMP (לא LNMP כי nginx נקרא בפועל n-ginix ובעברית אנג'יניקס, אז זה E).
   זה פחות קל ואולי יותר מומלץ בגלל ריכוזיות (מקום אחד לכל ההגדרות, הnginx).

https://tchumim.com/topic/5792/הפניית-תת-דומיין-לפורט-מסויים-בip