דוגמה לקוד של filter_templates אחרי התיקונים הנ"ל:

def filter_templates(string):
    parsed = mwparserfromhell.parse(string)
    for template in parsed.filter_templates(parsed.RECURSE_OTHERS):
        template_str = "".join([str(param) for param in template.params])
        yield [str(template), template.name.strip(), template_str]

כמו"כ כדאי להשתמש עם אובייקטים במקום מערך בתוצאה, משהו כזה:

def filter_templates(string):
    parsed = mwparserfromhell.parse(string)
    for template in parsed.filter_templates(parsed.RECURSE_OTHERS):
        template_str = "".join(map(str, template.params))
        yield {
            "template": str(template),
            "name": template.name.strip(),
            "template_str": template_str,
        }

ובקוד המשתמש צריך לפנות לi["name"] במקום למיקום מספרי.

לגופה של לוגיקה אני אל יודע בדיוק אם הקוד עושה מה שצריך, זה אתה יכול לבדוק יותר טוב ממני.

import re
import mwparserfromhell

def filter_templates(string):
    string_2 = []
    parsed = mwparserfromhell.parse(string)
    templates = parsed.filter_templates(parsed.RECURSE_OTHERS)
    if templates:
        for template in templates:
            if template.params:
                template_str = "".join([str(param) for param in template.params])
            else:
                template_str = ""
            string_2.append([str(template),template.name, template_str])
        return string_2
    else:
        return False
    
def clean_comment(comment):
    while True:
        replace = filter_templates(comment)
        if not replace:
            break
        for i in replace:
            rp = i[2]
            comment = comment.replace(i[0], rp)
    return comment

def remove_templates(wikitext):
    dict_comments = {}
    sup = 0
    while True:
        replace = filter_templates(wikitext)
        if not replace:
            break
        for i in replace:
            if i[1].strip() == "הערה":
                sup += 1
                dict_comments[sup] = clean_comment(i[2])
                rp = f'<sup style="color: gray;">{sup}</sup>'
            elif i[1].strip() == "ש":
                rp = "\n"
            else:
                rp = i[2]
            wikitext = wikitext.replace(i[0], rp)
    counter = 0
    sorted_dict = {}
    for num in re.findall(r'<sup style="color: gray;">(\d+)</sup>', wikitext):
        counter += 1
        wikitext = wikitext.replace(rf'<sup style="color: gray;">{num}</sup>', rf'<sup style="color: gray;">{counter}</sup>')
        sorted_dict[counter] = dict_comments[int(num)]
    return wikitext, sorted_dict

אם נתעלם לרגע מהנקודה ומה-"|", נוכל להשתמש בשילוב של רג'קס וקוד רקורסיבי עם מבנה נתונים פשוט (@dovid רמז לזה כבר).
אבל חשוב לציין שזה בהנחה שהטקסט לא מכיל שגיאות או אי-עקביות – אחרת זה כאב ראש * 20.
להלן דוגמא ב-C# שהזנתי ל-LinqPad, הקוד הינו סקיצה בעלמא תוכל לשפר אותו כיד ה' הטובה עליך:

void Main()
{
    string content = "{{some content{{some more content{{some more content{{some more content}}}}}}}}";
        var root = new NestedContent(content, null);
        root.Dump(); // Dump the root object to view its structure
}

class NestedContent
{
    public string Content { get; set; }
    public NestedContent Child { get; set; }

    public NestedContent(string content, NestedContent parent)
    {
        // Trim only the outermost braces (single pair at start and end)
        if (content.StartsWith("{{") && content.EndsWith("}}"))
        {
            content = content.Substring(2, content.Length - 4);
        }

        var match = Regex.Match(content, @"\{\{.*\}\}");
        if (match.Success)
        {
            string nestedContent = match.Value;
            this.Content = content.Replace(nestedContent, ""); // Replace inner braces content
            Child = new NestedContent(nestedContent, this); // Recursive call for nested content
        }
        else
        {
            this.Content = content; // Set content when no more nested structures
        }
    }
}

והתוצאה:

אישית לא הייתי שואל ככה אלא איך לפתור את הבעיה והאם רגקס הוא כיוון טוב.

REGEX לא טוב לביטויים רקורסיביים.

"לא טוב" זו הגדרה עדינה...
https://stackstatus.tumblr.com/post/147710624694/outage-postmortem-july-20-2016
https://blog.cloudflare.com/details-of-the-cloudflare-outage-on-july-2-2019/
https://www.crowdstrike.com/wp-content/uploads/2024/08/Channel-File-291-Incident-Root-Cause-Analysis-08.06.2024.pdf

מבחינתי Regex הוא כמו אנטיביוטיקה, אני משתמש בו בזהירות רק כשאין לי ברירה.